清军入关后，派恭顺侯吴惟华进攻山西，于顺治元年(1644)五月初十兵临大同城下，原已投降李自成的姜瓖，杀死留守在大同的农民军首领，开城降清。秋天，清廷颁姜瓖为征西前将军，并铸印以示信任。冬天，姜瓖统率大同、宣化诸镇之兵，配合英亲王阿济格在保德、宁武等地击败农民军高一功，姜因此于次年六月进京觐见顺治皇帝。
　　清军入关后，对汉族人民大肆屠杀，并施行圈地、剃发等民族高压政策引起百姓的仇恨。清顺治五年(1648)，南明抗清形势大振，桂王政权波及七省，山西除太原外，大部分地区已与陕西连成一片抗清，南北呼应，声势相结。时任大同总兵的姜瓖，由于投靠过李自成，且带有重兵，驻防要地，清政府对他很不放心，姜瓖也深知自己面临的危险处境。这年十一月，清廷派英亲王阿济格、博格统兵驻防大同，以防备葛尔丹。姜瓖心虚，怀疑是来对付自己的，农历十二月初三(1649年1月20日)，乘宣大总督率领司、都官员出城察看粮库的机会，关闭城门，举行起义，自称大将军，又率军出城袭击清军，阿济格猝不及防，一直被追到阳高城下。清政府在大同的官员进不了大同城，只好把大同府治所临时设在阳高，把大同县治所设在怀仁县西安堡。
　　姜　　瓖举兵反清后，立即派姜辉、姜建勋分兵向雁北各地进兵，同时向全省各地发出檄文，号召明朝旧官吏、旧军人联合起来，共同对付清政府。起义军很快占领左云、右玉、平鲁、井坪、朔县、山阴、浑源等地。姜建勋带兵进攻左云城时，左云驻军马上响应，未经战斗就占领了左云城。姜瓖派浑源宝峰寨人方三回浑源发动起义，方三联合浑源守备唐虎，杀知州荣尔奇，轻取浑源城。平鲁杀参将佟国士举义，朔县守备张子义与其子倒戈反正。广灵县的李青响应姜瓖号召，带领千余人，围攻广灵县城，“广灵烟火不举数日”，广灵县令派人从西城墙上缒城而下，向清军求救，清援兵赶到，与城内官兵内外夹攻，起义军腹背受敌，李青被俘身亡。
　　起义军占领雁北大部分地区后，姜瓖派姜建勋带兵南下，出雁门关，攻打山西各地，一举攻下宁武、忻州。偏关县的万练也举兵抗清，自称偏关道，岢岚、保德等县望风降附，势如破竹，抗清怒火，一点即燃。接着，姜建勋又向晋中进发，很快攻克了汾州、交城、文水、祁县、太谷、清徐、平遥、介休等地。在晋南一带，明朝官员虞元、白璋、张万全等起兵占领蒲州、运城、绛县、解县等地。不几天，“近至山西境内，远至陕甘，明代遗臣旧将，多起兵应之”，山西全省震动。
　　起义军的顺利进军，给清朝的统治造成严重威胁。清朝山西巡抚祝世昌一面派兵层层设防，一面请求派重兵增援山西。清政府派固山额真巴颜等将载红衣大炮奔赴大同，将大同团团围住，又派摄政王多尔衮带领禁旅前后两次来大同督战，坐镇指挥。在大兵压境下，大同城内军民与姜瓖一道投入保卫大同城的战斗。清兵几次攻城，都被起义军击败，清兵受到重大伤亡。多尔衮见大同城一时难以攻下，暂时把兵力转向各县。农历三月，多尔衮派兵攻打浑源城，方三、唐虎闭城坚守，与清兵血战到底，最后，清兵用铁炮轰开东北城角，涌入城内，方三、唐虎血战身亡，起义军与城内人民惨遭屠杀。接着，应县、山阴的原清朝官吏，开城归降了清朝。农历四月，阿济格派清兵攻打左云城，遭到起义军的顽强抵抗，最后终因力量悬殊，寡不敌众，城破后，城内军民遭到血洗。正在清军残酷镇压雁北各地起义军的时候，农历五月，姜建勋带领的起义军与清军大战于太原，重创清兵。随后，南下的起义军接连攻破辽州(今左权县)、沁州(今沁县)和潞安府(今长治市)、泽州(今晋城县)。其后，起义军在汾州被清兵袭击，寡不敌众，伤亡很重，姜建勋不幸在战斗中英勇牺牲。到农历八月，晋中、晋南、晋东南等地的起义军很快被清政府镇压下去了。
　　当时，大同已变成一座孤城。由于长期被围困，城内粮食缺乏，许多人绝饮断炊，起义军兵力也不断伤亡，多有战死饿死者。八月，阿济格再次亲征大同，这时，大同被围已达九个月，城内人心惶惶，清廷多次送书向姜劝降。八月二十六日，姜瓖部下将领杨振威等斩姜瓖及其兄姜琳、弟有光，打开城门投降了清朝。清军入城后，对起义军进行了最野蛮的屠杀，一时间，尸体狼藉，血流成河，大同变成一座死城。姜瓖府衙(今乱衙门街)及住宅(兰池街)均被掘地三尺，大同城墙拆去五尺，从此，大同废府，不立官。直到顺治九年(1652)才将府治从阳高迁回大同，但城内仍然人烟稀少，荒废不堪，清政府只好从各地移民，大同才逐渐复兴。
　　姜瓖领导的抗清斗争虽然失败了，但这次起义持续时间达九个月之久，声势之大、范围之广、影响之深，在全国少有，它鼓舞了山西和全国各地的抗清斗争，沉重地打击了清政府在山西的统治。导致起义失败的原因：一是起义军力量分散，缺乏互相配合和支援，以致被清军各个击破；二是起义队伍有一批明朝旧官吏、旧军队，成分复杂，最后被部将杀死，导致起义失败。